A la bibliothèque
La bibliothèque a hérité des archives de la faculté de Montauban (dernier tiers du XIXe siècle) et de celles de la faculté de Montpellier. Fonds photographique, registres administratifs divers, cahier de réclamations des étudiants et journaux estudiantins apportent ainsi un témoignage précieux sur la vie de ces deux institutions. Elle conserve également les archives de l’Ecole préparatoire de théologie protestante, qui a accueilli pendant près d’un siècle et demi (1846–1990) les jeunes gens dépourvus du baccalauréat pour les préparer aux études de théologie en vue d’un ministère pastoral ou missionnaire. Enfin, de nombreux enseignants de la faculté ont fait don de leurs cours et de leur documentation.
Archives Henri Bois (1862–1924). Professeur titulaire des chaires de philosophie et de morale, de théologie pratique et de théologie systématique à la faculté de théologie protestante de Montauban, puis à celle de Montpellier, dont il devient le premier doyen (1919–1924) à sa création. La bibliothèque conserve ses cours et ses manuscrits.
Archives Wilhelm Vischer (1895–1988). Pasteur et théologien bâlois, docteur honoris causa de l’université de Bâle, Wilhelm Eduard Vischer est appelé en 1947 par la faculté de théologie protestante de Montpellier où il occupe jusqu’à sa retraite le poste de professeur d’Ancien Testament. Ses archives et sa bibliothèque ont été remises à la faculté de théologie protestante de Montpellier.

Les archives de la bibliothèque ne sont pas encore disponibles à la consultation, mais les bibliothécaires peuvent effectuer des recherches sur demande écrite.
Et aux archives départementales de l’Hérault
Les fonds d’archives protestants conservés en sous-série 217 J sont essentiellement constitués d’archives de paroisses protestantes héraultaises, de pasteurs, de prédicateurs, de familles protestantes et d’associations protestantes, recueillies par l’Institut protestant de théologie de Montpellier et la commission de la bibliothèque de la faculté de théologie de Montpellier, puis déposées aux archives départementales de l’Hérault.